Тем временем 27-летний красный командир М.Н. Тухачевский всеми имеющимися у него силами обрушился на Симбирск. Каппель поспешил на выручку его слабому гарнизону. После трехдневных боев части Тухачевского были отброшены от города.
Затыкать собой дыры до бесконечности каппелевские чудо-богатыри не могли. Переброшенные к Казани, где наступал сам Троцкий, они потеряли Симбирск и вскоре вынуждены были отступить за Урал.
Одной из ключевых сил Восточного фронта в ту пору стал чехословацкий корпус. Он был создан во время Мировой войны – сперва из добровольцев, рассчитывавших в случае победы Антанты добиться независимости Чехии, а позже и из пленных солдат и офицеров австрийской армии. После заключения Брест-Литовского «мира» чешские эшелоны двинулись по Транссибу с намерением покинуть Россию. Однако в Челябинске их остановил приказ Троцкого о разоружении и заключении чехов в концентрационные лагеря. Это привело к восстанию последних, поддержанному русскими офицерами и казаками. Так чехи оказались ввержены в русскую смуту и стали играть в ней значительную роль. Увы, в дальнейшем преимущественно деструктивную.
В сентябре 1918 г. в Уфе проходил съезд, задачей которого было сформировать единое правительство. «При этом, - сообщает А.А. фон Лампе, - немедленно обнаружились симпатии чехов, которые открыто поддерживали власть Комитета Учредительного Собрания, по своему отношению к большевикам неприемлемого для большей части Белой армии. Но чехи грозили тем, что они оставят фронт (что они потом и сделали) и требовали создания правительства в виде «Уфимской Директории», передававшего власть в руки той политической партии, которая уже в 1917 году привела Россию к страданиям и крушению... Сила была в руках чехов - приходилось им подчиняться... Но так продолжаться дольше не могло, тем более, что сами чехи думали только о том, как бы покинуть фронт. Это намерение они и выполнили, не останавливаясь перед прямым предательством. Они хотели увезти все ими награбленное, и они это выполнили. Одно было ясно: трусость чехов и их союз с избранной на съезде в Уфе Директорией, которая состояла в большинстве из членов губившей Россию партии социалистов, грозили стране новыми бедами. И потому русские патриоты должны были принять те или иные меры, чтобы избежать грозящей опасности, в особенности же в силу того, что чехи, несмотря на то, что их требования были выполнены, - все-таки начали очищать фронт и русские города, которые были в свое время освобождены от кровавой власти большевиков, опять стали переходить в их мстительные руки.
Чехи оставляли боевую линию, не задерживая большевиков и в конце концов совершенно прекратили боевые действия; при первом же нажиме большевиков они отходили и в своих поездах и вагонах увозили с собой русское государственное имущество. Как только они погружали свою богатую добычу на поезда, они немедленно отправлялись на восток... За ними вслед шел поток беженцев из волжского района... Обязанность прикрывать отход «освободителей» ложилась на русских офицеров и добровольцев. Без сапог, без теплой одежды взирали эти истинные герои на переполненные платьем и кожами чешские поезда. За чехами следовали массы беженцев, стариков, женщин и детей, которым невозможно было оставаться на местах, так как за одно только сочувствие чехам большевики расстреливали целыми семьями. Директория ничего не предпринимала и по своим убеждениям и не могла ничего предпринять против измены чехов. He могло помочь никакое посредничество прибывших представителей Антанты английского генерала Нокса и французского генерала Жанена. Протест нарастал даже в чешской среде: командующий чешской армией в Казани, которая была оставлена большевикам, чешский полковник Швец не мог помешать бегству своих солдат и покончил самоубийством... Когда представители Антанты поняли невозможность вернуть чехов на боевой фронт, они, не имея достаточно судов для того, чтобы увезти чехов из Сибири, передали им охрану Сибирского железнодорожного пути, в тылу русской армии от Ново-Николаевска до Иркутска. Чтобы выполнить эту задачу, чехи захватили силой 20 000 железнодорожных вагонов, в которых они продолжали жить (один вагон на трех чехов), тем самым забивая все пути и затрудняя снабжение армии».
В итоге чехи все-таки оставили фронт. Директория же была свергнута 18 ноября 1918 г. По итогам переворота в Омске Верховным Правителем России был провозглашен адмирал А.В. Колчак.
Колчак прибыл в Омск за считанные недели до переворота с намерением пробираться на Дон к Деникину. Однако, судьба распорядилась иначе. Директория назначила его военным и морским министром. С первых дней Колчак утверждал необходимость национальной почвы для борьбы с большевизмом. «Горе в том, - говорил он в одном из своих интервью, - что русские не в состоянии встать на национальную платформу, не должно ставить интересы партийные выше долга национального. В этом отношении одинаково виноваты оба направления – левое и правое. Каждая политическая борьба, пока не становится на национальную почву, на программу обновления России, является вредной…»
От участия в перевороте адмирал отказался, что не помешало его организатором единогласно избрать Александра Васильевича диктатором. Полученную власть Колчак рассматривал, как тяжелейший крест, как свою жертву на алтарь Отечества. «Когда распалось Всероссийское Временного правительство, и мне пришлось принять на себя всю полноту власти, я понимал, какое трудное и ответственное бремя беру на себя, - говорил он. – Я не искал власти и не стремился к ней, но, любя Родину, я не смел отказаться, когда интересы России потребовали, чтобы я встал во главе правления». Такое понимание власти указывалось и в прокламации штаба Верховного главнокомандующего: «Власть, которая возложена на Верховного правителя, - тяжелый подвиг, великий святой долг перед Родиной, который будет исполнен до конца, до радостного праздника Воскресения России».
Верховным Правителем Колчака признали почти все белые силы: от атамана Дутова до генерала Деникина. Политическая программа адмирала базировалась на фундаменте непредрешенчества. При этом декларировалось «укрепление и развитие мелкой земельной собственности за счет крупного землевладения и широких земельных реформ в целях удовлетворения землей земледельческого населения, нуждающегося в ней», а также облегчение условий труда и быта рабочих, введение 8-часового рабочего дня. Сын инженера Обуховского завода, в юности по собственному желанию работавший на нем и хорошо знавший рабочих, адмирал часто бывал на заводах, лично разговаривал с рабочими, которым разрешено было объединяться в профсоюзы. Г.К. Гинс вспоминал об одной из таких встреч: «В Перми он едет на пушечный завод. Беседует с рабочими, обнаруживает не поверхностное, а основательное знакомство с жизнью завода, с его техникой. Рабочие видят в Верховном правителе не барина, а человека труда, и они проникаются глубокой верой, что Верховный правитель желает им добра, ведет их к честной жизни. Пермские рабочие не изменили правительству до конца».
Колчаковское правительство проводило курс на развертывание предпринимательства, банковской системы, была восстановлена свобода торговли, осуществлялась борьба со спекулянтами в целях защиты интересов населения. За год ежемесячное поступление доходов в казну увеличилось с 50 до 140 млн. рублей. Выдавались крупные кредиты промышленности, кооперации, местному самоуправлению. Было отменено государственное регулирование торговли сельскохозяйственной продукцией, что в полной мере отвечало интересам крестьянства. В телеграмме адмирала генералу Деникину говорится: «…для устранения наиболее сильного фактора русской революции – крестьянского малоземелья и для создания надежной опоры порядка в малообеспеченных землею крестьянах, необходимы меры, укореняющие в народе доверие и благожелательность к новой власти. Поэтому я одобряю все меры, направленные к переходу земли в собственность крестьян участками в размерах определенных норм». Колчак лично занимался социальными вопросами. Ветераны, инвалиды, семьи погибших воинов не забывались: в выпущенной специальной брошюре указывался порядок получения солдатских пайков, пенсий, лечебных мест на курортах для больных, назывались мастерские, где было организовано обучение инвалидов, протезные предприятия. На помощь инвалидам отводились сотни тысяч рублей.
Не забывал адмирал и полярного дела. При правительстве был организован Комитет Северного морского пути, при участии Колчака были организованы несколько экспедиций, при его поддержке стало возможно создание большой геологической службы для выявления богатств сибирского края, продолжалось строительство Усть-Енисейского порта, начатое в 17-м году…
Всемерную поддержку адмирал оказывал Церкви. Из 3500 священнослужителей Белой Сибири около 2000 составляло военное духовенство. Временным Высшим Церковным Управлением и, в частности, епископом Андреем Уфимским были сформированы Полки Иисуса и Богородицы, о которых в коммунистическом журнале писалось: «Солдаты этих полков, как описывают очевидцы, наряжены в особую форму с изображением креста. Впереди полков идут… с пением молитв и лесом хоругвей облаченные в ризы и стихари служители культов». Созданы были также проповеднические отряды под руководством главы ВВЦУ архиепископа Сильвестра Омского. Адмирал Колчак говорил: «Ослабла духовная сила солдат. Политические лозунги, идеи Учредительного собрания и неделимой России больше не действуют. Гораздо понятнее борьба за веру, а это может сделать только религия».