Эдуард Сероусов – Протокол EDEN (страница 9)
Синтезатор запустился – тихо, деловито. На дисплее появился прогресс:
200 фрагментов. По четыре минуты каждый. Восемьсот минут только для первых двухсот. Потом ещё тысячи фрагментов – лигирование, очистка, упаковка.
Это была работа не на четыре часа. Это была работа на несколько дней.
Она остановилась. Думала секунд пятнадцать.
Потом открыла спецификацию синтезатора на сайте производителя – сделала это через телефон, не через рабочую станцию. Нашла раздел о режиме параллельного синтеза. Машина могла синтезировать до восьми фрагментов одновременно на разных колонках. Она никогда не использовала этот режим – не было нужды. Нужда появилась сейчас.
Параллельный синтез 8 фрагментов × 4 минуты = 4 минуты на восемь фрагментов. 6.7 миллиона оснований ÷ 150 оснований на фрагмент = около 44 700 фрагментов. ÷ 8 = около 5 600 циклов × 4 минуты = примерно 22 400 минут.
Всё ещё слишком много.
Но ей не нужно было хранить все данные. Ей нужно было хранить то, что нельзя восстановить из её памяти – или восстановить долго. Алгоритм субъединиц она помнила. Статистику она помнила. Что она не помнит наизусть – декодирующая модель Вставки, полные результаты кластерного анализа по всем 847 видам, сырые данные нанопорового ридера.
Она отфильтровала. Оставила то, что действительно незаменимо.
После фильтрации: 340 мегабайт.
Пересчитала. Около 3 000 циклов синтеза в параллельном режиме. 12 000 минут. Двести часов.
Всё равно не то.
Она сидела перед синтезатором и думала. Синтезатор деловито производил первый фрагмент. Запах ацетонитрила чуть усилился – рабочий, знакомый.
Хорошо. Другой подход.
Ей не нужно хранить сами данные. Ей нужно хранить ключ. Ключ к данным.
Декодирующая схема – алгоритм, по которому паттерны метилирования транслируются в субъединицы, и система субъединиц транслируется в структуру высшего порядка. Это было самым сложным и самым незаменимым. Это было то, что она разработала сама, шаг за шагом, и что существовало в одном месте: в скрипте на её рабочей станции.
Плюс: схема кодировки ДНК-хранения. Без неё – нельзя прочитать образец.
Плюс: набор эталонных последовательностей из ключевых видов, по которым можно было бы восстановить анализ заново, если все остальное потеряно.
Это был минимально необходимый комплект.
Она пересчитала. 47 мегабайт. 400 фрагментов в параллельном синтезе по 8. 50 циклов. 200 минут.
Три с половиной часа.
Это было реально.
В 13:28 Ма Лэй сказал:
– Доктор Чен, я на обед. Вам что-нибудь принести?
– Нет, спасибо.
Дверь закрылась.
Рейчел выдохнула. Посмотрела на синтезатор – он работал уже двадцать минут, первые два цикла завершены, ещё сорок восемь впереди. Потом перешла к следующему этапу.
Параллельно синтезу нужно было подготовить лигазный буфер и очистительный протокол – чтобы после синтеза сразу лигировать фрагменты в более длинные молекулы и очистить от реагентов. Это ускорит процесс в финале. Она достала реагенты из холодильника. Открыла рабочий протокол на планшете – старом, личном, не подключённом к сети Института.
Руки работали привычно. Перчатки мешали чувствовать тонкие движения – она всегда это замечала, но привыкла. Крышки микропробирок открывались с тихим щелчком. Пипетки – автоматические, с регулируемым объёмом – издавали лёгкий хлопок при нажатии на поршень. Она отмеряла реагенты и не думала о руках: руки знали, что делать.
Думала о другом.
Кто-то настроил перехват её данных. Это требовало: знания о том, что именно она анализирует, доступа к сети Института на уровне, недоступном рядовому администратору, технической возможности настроить зашифрованный внешний буфер без обнаружения. Это не был студент. Это не был коллега по Институту.
Статус «маршрутизация» в запросе к кластеру. Внешний запрос к архиву образца матери. Буфер ночной синхронизации.
Три события. Три разных точки входа. Одна рука за всем этим – или одна организация.
Двадцать два года назад. Она не знала почему именно двадцать два года, но это число само появилось в голове – возможно, потому что флаг 2027 года, образец матери, был шестнадцатилетней давности, а за те три недели до этого кто-то обращался к архиву, значит, интерес был свежим. Но реакция на её запрос к кластеру была мгновенной – алгоритм сработал немедленно, не задумываясь. Как будто кто-то давно ждал именно такого запроса.
Кто-то давно знал, что искать.
Значит, кто-то давно знал о Вставке.
Не открыл её сейчас – знал до неё.
Рейчел остановилась. Поставила пипетку.
Если кто-то знал о Вставке раньше неё – и при этом не опубликовал, не раскрыл, а настроил систему мониторинга и перехвата данных – то это означало: они не хотят, чтобы это стало известно.
Почему?
Она не знала. Это был вопрос без ответа – пока. Чтобы ответить на него, ей нужно было гораздо больше данных.
Пока у неё было только одно: пробирка с ключом к тому, что она нашла, должна оказаться в криобанке до конца дня.
Она вернулась к работе.
Синтезатор закончил в 15:41.
Он выдал суспензию из синтетических олигонуклеотидов в 800 микролитрах буфера – прозрачная жидкость в маленьком коллекторном флаконе, неотличимая от сотни других проб на её рабочем столе. Рейчел перенесла суспензию в лигазную реакцию. Добавила T4-ДНК-лигазу и АТФ в нужных концентрациях. Поставила в термостат на 16 градусов – стандартный режим лигирования.
Два часа.
Она написала в рабочем журнале:
Потом занялась другими делами – настоящими рабочими делами, теми, которые были в плане на этот день. Ма Лэй вернулся в 14:18, занял своё место, кивнул ей молча. Она кивнула в ответ. Работа продолжилась в обычном ритме.
Рейчел читала препринты. Отвечала на письма. Смотрела на таблицы. Делала пометки.
Внутри было очень тихо.
Не успокоение – другое. Когда задача поставлена и решается – и пока она решается, нельзя сделать ничего полезного, только ждать – приходит что-то похожее на покой. Не настоящее. Функциональное. Тело знает, что паника сейчас не поможет, и откладывает её.
В 17:38 термостат пикнул – лигирование завершено.
Она встала, прошла к термостату под предлогом проверки другого образца, аккуратно вынула флакон с лигированными фрагментами, перенесла его на очистительную колонку. Стандартная процедура очистки заняла восемь минут. Финальный объём – 50 микролитров чистой ДНК в трис-буфере.
Теперь упаковка.
Синтетическая наноструктура для защиты от деградации – она приготовила её из готового набора реагентов, купленного ещё полгода назад для другого эксперимента и так и не использованного. Набор лежал в шкафу под рабочим столом. Она достала его спокойно, с таким видом, с каким достают любой реагент, нужный для текущего протокола.
Инкапсуляция заняла двадцать минут. В конце – прозрачная жидкость в полуторамиллилитровой пробирке. Снаружи: абсолютно стандартная лабораторная пробирка с крышкой-защёлкой. Никаких видимых признаков того, что внутри не биологический образец, а 47 мегабайт зашифрованных данных.
Рейчел взяла маркер. Подписала пробирку:
Стандартное обозначение. Дата, номер партии, стадия протокола.
Потом перешла к криобанку.
Криобанк был за стеклянной перегородкой в смежном помещении – небольшом, холодном, с отдельной системой вентиляции. Запах там был другим: жидкий азот давал сладковатый металлический холод, почти не воспринимаемый носом как запах – скорее как тактильное ощущение в носоглотке.
Она открыла журнал криобанка – электронный, на планшете у входа. Нашла свою секцию. Стеллаж 7, кассеты с 71 по 85, её образцы. Кассеты были маркированы и пронумерованы: в каждой по шестнадцать ячеек, в каждой ячейке – пробирка или пусто.
В кассете 81 была одна свободная ячейка: позиция 14.
Она открыла кассету. Внутри – синий холодный свет, ровный, матовый. Пятнадцать пробирок на своих местах, одна – пустая. Все пробирки выглядели одинаково. Белые крышки, маркировка, ячейки стеллажа. Тысячи таких пробирок в этом хранилище – тысячи историй жизни, законсервированных при минус восьмидесяти градусах.
Одна из них теперь была не тем, чем казалась.
Рейчел поставила пробирку CS-047 на позицию 14. Закрыла кассету. Вышла из холодного помещения.