6 апреля — в Москве по инициативе Совета муфтиев России начинаются торжества, посвященные 1400-летнему юбилею с начала распространения ислама в России.
20 апреля — на очередном Съезде ДУМ Республики Адыгея и Краснодарского края его новым муфтием избирается имам из Успенского района республики Энвер Шумафов.
22 апреля — решением Пленума ДУМ РТ и семинара руководителей высших и средних учебных заведений Республики Татарстан на базе набережночелнинских медресе «Иолдыз», «Танзиля», «Ихлас», «Нурутдин» и «Иман» создается Набереж- ночелнинское высшее медресе.
19 мая — ФСБ России официально заявляет о начале активной борьбы с «благотворительными» арабскими фондами. Первой под удар попадает организация «Аль-Харамейн», которую ФСБ объявляет «одной из структур, негласно финансирующей наемников в Чечне» и начинает работу по прекращению ее деятельности. Вскоре аналогичные меры принимаются против фондов «Аль-Игаса», «Тайба» и «Ибрагим аль Ибрагим», известных своей широкой поддержкой ряда российских исламских учебных заведений и духовных управлений мусульман.
5 июня — правительство Башкортостана предпринимает неудачную попытку воссоединения исламского сообщества республики путем присоединения ДУМ Республики Башкортостан к ЦДУМ.
8 июня — муфтий Чечни Ахмад Кадыров назначается главой временной администрации Чечни.
30 июня — в Москве проходит заседание Совета муфтиев России, посвященное рассмотрению вопроса о возможном законодательном запрете ваххабизма на всей территории России. В принятом по итогам заседания обращении председатель ЦДУМ называется «раскольником» и «инициатором и покровителем внедрения экстремизма в форме «ваххабизма» на территории РФ». Начинается новый виток борьбы между ЦДУМ и СМР, отличительной чертой которого становятся взаимные обвинения в приверженности ваххабизму.
25 июля — глава временной администрации Чечни Ахмад Кадыров официально запрещает деятельность в республике ваххабитских групп.
18- 19 августа — в Омске проходит II Курултай мусульман Азиатской части России, приуроченный к празднованию 1400-ле- тия ислама в России. Курултай завершается задержанием одного из его делегатов — имама мечети г. Ишима Анбара Хаджахорджарова, объявленного в международный розыск правоохранительными органами Узбекистана по статье 159 УК Республики Узбекистан (посягательство на конституционный строй).
22 августа — съезд духовенства Чеченской Республики избирает нового муфтия Чечни. Им становится главный имам Шатойского района Ахмад Шамаев.
29 сентября — в Казани торжественно открылся Российский исламский университет.
2 октября — в Ханты-Мансийске проходит Совет муфтиев Духовных Управлений мусульман юрисдикции ТТДУМ Уральского федерального округа. На Совете, в частности, обсуждаются меры по противодействию экспансии ДУМАЧР.
Октябрь — ЦДУМ перерегистрируется как Центральное духовное управление мусульман России. Ранее входившие в состав ТТДУМ ДУМы Украины, Белоруссии, Латвии, Литвы и Эстонии юридически становятся независимыми, однако фактически остаются в составе ЦДУМ. Принимается новый устав ЦДУМ.
11 ноября — на меджлисе в селе Белозерье создается Региональное ДУМ Республики Мордовия в составе ЦДУМ. Его председателем избирается муфтий Зяки Айзатуллин.
23 ноября — на съезде мусульман в Саранске создается альтернативное ДУМ Республики Мордовия. Его муфтием избирается Наиль Фахретдинов.
20 декабря — Общероссийское мусульманское общественное движение «Нур» преобразуется в Демократическую мусульманскую организацию.
2001
5- 6 апреля — в Черкесске проходит IV Съезд ДУМ Карачаево- Черкесской Республики и Ставрополья, в котором принимают участие председатель Управления мусульман Кавказа шейх-уль-ислам Аллахшукюр Паша-заде и председатель Совета муфтиев России муфтий Равиль Гайнутдин. Съезд продлевает полномочия муфтия Исмаила Бердиева.
25 марта — в Москве проходит учредительный съезд Исламской партии России
30 апреля — на внеочередном меджлисе ДУМ Республики Мордовия его новым муфтием избирается Рашид Халиков.
25 мая — в Москве проходит презентация Социальной программы российских мусульман, подготовленной специалистами Совета муфтиев России.
19 июня — в подмосковном пансионате «Голицыно» проходит учредительный съезд Евразийской партии России, созданной на базе ОПОД «Рефах».
28 июня — в Москве проходит Международная конференция «Исламская угроза или угроза исламу?», организованная ЦДУМ и движением «Евразия».
Июль-август — предпринимается попытка переворота в Региональном ДУМ Ульяновской области, Ульяновске, инициированная председателем ЦДУМ Ульяновской области муфтием Фатыхом Аллиуловым.
28 сентября — возрожденное муфтием Исмаилом Шангареевым ДУМ «Ассоциация мечетей России» проходит регистрацию и начинает активную кампанию по установлению контроля над мусульманскими общинами в Приволжском и Южном федеральном округах.
5 ноября — сопредседатель Совета муфтиев России муфтий Нафигулла Аширов делает ряд заявления в поддержку движения «Талибан» и косвенно призывает российских мусульман оказать ему вооруженную поддержку.
3 декабря — в Петрозаводске проходит регистрацию ДУМ Республики Карелия в составе Совета муфтиев России. Его председателем и муфтием становится палестинец Висам Али Бардвил.
Декабрь — в Элисте создается независимое ДУМ Республики Калмыкия, муфтием которого становится аварец Солтанахмед Каралаев.
25 декабря — КЦМСК входит в Межрелигиозный совет России.
2002
9- 11 января — в Бейруте проходит конференция, посвященная поддержке Палестины в ее борьбе против Израиля и США. Принимавшие в ней участие муфтий Нафигулла Аширов и мартональный мусульманский философ Гейдар Джемаль одобряют тактику использования в борьбе против Израиля террористов-смертников, что вызывает резкое неудовольствие властных структур России.
12 февраля — верховный муфтий Талгат Таджуддин и с ним еще несколько мусульманских лидеров осуждают планы создания в России католических епархий.
27 апреля — в Москве проходит Съезд Евразийской партии России, на котором она преобразуется в общероссийскую политическую партию.
29 мая — в Москве открывается Конференция «Ислам против терроризма», на которой предполагалось принять фетву «О недопустимости оправдания экстремизма и терроризма нормами Корана и Сунны», а также примирить Совет муфтиев России и ЦДУМ. В итоге Конференция не достигает поставленных целей и лишь приводит к новому витку внутриисламской напряженности.
30 мая — в Москве проходит Съезд общественно-политического движения «Евразия», на котором оно преобразуется в партию.
18 июня — в Москве создается Совет по хаджу при Правительстве РФ.
29 июня — в Москве проходит регистрацию Исламский правозащитный центр, созданный по инициативе председателя ДУМ «Ассоциация мечетей» муфтия Исмаила Шангареева.
4 сентября — ДУМ Республики Мордовии во главе входит в состав Совета муфтиев России.
1 октября — татарские националисты в очередной раз разрушают православную часовню в Набережных Челнах. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II направляет президенту Татарстана М.Ш.Шаймиеву письмо, в котором выражает возмущение по поводу случившегося и говорит о далеком от нормы уровне межрелигиозных и межнациональных отношений в Татарстане. В свою очередь, председатель СМР муфтий Равиль Гайнутдин, комментируя разрушение часовни, предлагает Русской Православной Церкви впредь согласовывать с мусульманами места строительства культовых зданий.
9 октября — Евразийская партия России проходит регистрацию под названием «Евразийская партия — Союз патриотов России».
24-26 октября — в Москве банда чеченского полевого командира Мовсара Бараева захватывает заложников в театральном центре на Дубровке. Все мусульманские лидеры России резко осуждают данную акцию, однако ДУМ Поволжья частично солидаризируется с террористами, настаивая на немедленном выполнении их требований.
20 ноября — на очередном Съезде ДУМ Республики Адыгея и Краснодарского края его новым муфтием избирается Нурбий Эмиж.
11 декабря — председатель ДУМ Кабардино-Балкарской Республики муфтий Шафиг Пшихачев уходит в отставку. Исполняющим обязанности муфтия становится его двоюродный брат Анас Пшихачев.
15 декабря — Единое ДУМ Красноярского края проходит регистрацию. Муфтием новой независимой мусульманской структуры становится имам-хатыб Красноярской соборной мечети Гаяз Фаткуллин.
2003
17- 18 марта — мусульманско-христианская делегация во главе с верховным муфтием Талгатом Таджуддином с миротворческой миссией посещает предвоенный Багдад.
3 апреля — на митинге партии «Единая Россия» в Уфе верховный мутфий Талгат Таджуддин объявляет джихад странам- членам антииракской коалиции. Вскоре после этого прокурор Башкирии Флорид Бойков направляет ему предупреждение. ЦДУМ входит в период затяжного кризиса.
14 апреля — в Москве проходит расширенное заседание Совета муфтиев России, на котором принимается осуждающая призывы Талгата Таджуддина фетва.
17 апреля — на прошедшем в Москве заседании КЦМСК его новым председателем избирается муфтий Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья Исмаил Бердиев.
15- 17 мая — в Нижнем Новгороде проходят масштабные торжества, посвященные десятилетнему юбилею ДУМ Нижнего Новгорода и Нижегородской области.