Эдуард Сероусов – Протокол EDEN (страница 4)
Маленький объём – в пересчёте на современные стандарты хранения данных, ничто. Но достаточный для передачи сложного сообщения. Достаточный для сжатого описания биологической системы. Достаточный для координат. Для инструкции. Для сигнала.
Она написала в своём журнале:
Потом остановилась. Написала ещё одну строку:
Датировка была следующей задачей. И она оказалась проще, чем Рейчел рассчитывала, потому что данные уже были у неё – нужно было только спросить их правильно.
Логика была стандартной для эволюционной биологии: если признак присутствует у всех представителей группы, значит, он возник не позже, чем возникла сама группа. Если Вставка есть у всех 847 видов её выборки – а они охватывали весь диапазон эукариот, от одноклеточных дрожжей до позвоночных – то Вставка возникла не позже последнего общего предка всех эукариот.
Последний общий предок всех эукариот. Это было не просто «давно». Это был конкретный момент в истории жизни на Земле: около 1.5–1.8 миллиарда лет назад, протерозойский эон, когда первые клетки с настоящим ядром и линейными хромосомами появились в древнем океане. Момент, который называют эукариотогенезом – рождением ядерной клетки.
Но Рейчел хотела проверить это точнее. У неё в выборке было несколько видов, принадлежащих к наиболее ранним ветвям эукариотического дерева – так называемые «глубокоотходящие» линии, дивергировавшие практически сразу после эукариотогенеза. Если Вставка есть у них – это нижняя граница датировки: не позже начала.
Она запустила целевой анализ по пяти видам:
Все пятеро. Вставка присутствует у всех пятерых. С той же консервацией. С теми же субъединицами.
Рейчел сидела и смотрела на результат.
Потом набрала в поисковике: «эукариотогенез дата возникновения последние данные». Не потому что не знала – потому что хотела убедиться, что не перепутала.
1.5–1.8 миллиарда лет. Данные молекулярных часов, 2041 год, Nature. Консенсус.
Значит, Вставка возникла примерно тогда, когда возникла ядерная клетка. Не после. Не как адаптация к уже существующей эукариотической организации. Одновременно. В самом начале.
Или – и это была мысль, которую она не смогла не додумать – как часть того процесса, который создал ядерную клетку.
Она встала из-за стола и пошла к раковине. Открыла воду, умылась холодной водой, вытерлась бумажными полотенцами. Посмотрела на себя в зеркало над раковиной – узкое, в металлической рамке, давно требовавшее замены.
Выглядела нормально. Немного бледная. Глаза с красными прожилками – не выспалась. В остальном – нормально.
Она вернулась к столу.
Написала в журнале:
Последнее слово она написала, потом посмотрела на него, потом не стёрла.
Архитектура. Не случайность, не побочный продукт, не адаптация.
Спроектировано.
В три часа дня пришёл запрос от Ма Лэя – формальный, через рабочую переписку, хотя он сидел в пяти метрах от неё:
Она ответила:
Больше он не отвлекал. Она слышала его – тихое движение, осторожные шаги к холодильнику, щелчок дверцы, звук пипетки. Привычный фон, почти неслышимый.
Она думала о том, как именно сообщить о своих данных – или сообщать ли вообще. Это был вопрос, который она обычно не задавала: в науке данные публикуют, это основное правило, это весь смысл. Но сейчас.
Если она права, ей нужны независимая проверка и дополнительные образцы. Не её 847 видов – другие лаборатории, другие линии, другие методы секвенирования. Это означало коллаборации, обмен данными, объяснения.
Объяснения – это где проблема.
Она представила, как отправляет препринт. Рейчел Чен, Институт молекулярной медицины, Сингапур:
Нет.
Не потому что она боялась. Потому что ещё не верила сама.
Это была другая вещь. Важная. В науке нужно верить своим данным – не в смысле слепой веры, а в смысле готовности отстаивать интерпретацию под давлением. Рейчел не была готова. Не потому что данные были плохими. Потому что данные требовали объяснения, которое она ещё не могла сформулировать с достаточной точностью, чтобы его защищать.
Ей было нужно ещё время.
Ей было нужно ещё одно доказательство – другого рода. Не статистическое. Механистическое.
Если Вставка существует как хранилище информации, и если её воспроизводство обеспечивается специализированной метилтрансферазой – эта метилтрансфераза должна существовать. У неё должна быть аминокислотная последовательность. Эта последовательность должна быть где-то закодирована в геноме. И если фермент настолько фундаментален, что присутствует у всех 847 видов – он должен быть консервативен не меньше, чем его субстрат.
Это была проверяемая гипотеза. Конкретная. Это была та работа, которую нужно было сделать дальше.
Она начала составлять план.
К вечеру план был готов.
Это была задача на несколько недель как минимум – поиск неизвестного фермента через функциональную геномику, коиммунопреципитацию, возможно ChIP-seq. Стандартный арсенал, но трудоёмкий. Ей нужны были определённые реагенты, которых не было в лаборатории, нужен был доступ к базе данных Uniprot с расширенными фильтрами, нужно было написать несколько новых скриптов для анализа структуры белков.
Она сделала список. Разбила на этапы. Расставила приоритеты.
В шесть Ма Лэй сказал «спокойной ночи» и ушёл. Она ответила, не отрываясь от экрана. Дверь закрылась. Лаборатория снова принадлежала ей.
Она работала ещё два часа – писала скрипты, заказывала реагенты через институтскую систему, отвечала на накопившиеся письма по другим проектам. В 20:15 поняла, что голодна: она не ела с утра, если не считать половины банана из сумки, который она съела в четыре дня, не прерывая работы.
Она сохранила все файлы. Дважды. На локальный диск и на облачный бэкап.
Потом остановилась.
Бэкап.
Облачный бэкап использовал институтский сервер. Её рабочие данные синхронизировались автоматически – это было удобно, это было политикой Института для защиты данных от потери. Стандартная процедура. Никогда не создавала проблем.
Она посмотрела на папку с данными по Вставке. Потом на статус синхронизации в нижнем правом углу экрана: маленькая иконка облака с галочкой. Синхронизировано.
Все её данные – карты метилирования, результаты кластерного анализа, расшифрованные субъединицы, датировка, рабочие гипотезы – лежали не только на её рабочей станции. Они лежали на сервере. Сервере, к которому у Института был стандартный административный доступ.
Она смотрела на иконку облака.
Потом закрыла ноутбук. Взяла сумку. Выключила свет.
Это было стандартной процедурой. Это не было поводом для беспокойства. Все сотрудники Института хранили данные на институтском сервере. Это не было ничем особенным.
Она вышла из лаборатории.
Дома она поела – что-то из холодильника, не запомнила что – и открыла ноутбук на кухне. Хотела посмотреть на данные ещё раз, свежим взглядом.
Вместо этого открыла папку архивов.
Не рабочую. Личную. Ту, которую она не открывала несколько месяцев.
Она знала, что ищет – или думала, что знает. После того, как она сегодня увидела биоптат из базы данных
Её мать умерла от теломеразной дисфункции.
Рейчел занималась теломерами. Это не было случайностью – это была причина. Она никогда не притворялась, что интерес к теломерам возник из абстрактного научного любопытства.
Но за шестнадцать лет работы – сначала аспирантура, потом постдок, потом собственная лаборатория – она никогда не применяла свои инструменты к данным матери напрямую. Это казалось чем-то, что она не должна делать. Не этика – скорее суеверие. Или страх. Или различие между «знать» и «знать точно».
Папка архивов. Папка «Семья». Папка «Мама – медицинское».
Последний раз она открывала её два года назад – после смерти тёти, когда разбирала старые документы.
Там были снимки. Выписки. Результаты анализов, переданные её отцом после смерти матери, которые он получил из больницы и не знал, что с ними делать, и Рейчел взяла их к себе – на всякий случай, не зная зачем, просто потому что казалось неправильным выбрасывать.